É obvio que vai enfraquecer, pois está diminuindo a seção da viga, embora não é aconselhável sem estudo prévio. Normalmente não há problemas pois todas as estruturas são dimensionadas (quando) com uma margem de segurança, já antecipando a carregamentos não previstos, deformações e defeitos na construção (e no caso de malucos furarem sem estudo prévio).
Caso ele tenha feito furos em locais de modo a não expor as barras tracionadas (as barras inferiores no caso de vigas bi apoiadas ou barras superiores em vigas em balanço) e a estrutura foi calculada por profissional competente e a direção dos furos não forem superiores a aproximadamente 15% do altura da vida (em furos horizontais) não vai ocasionar problemas estruturais (EM VIGAS DE ESTRUTURAS CONVENCIONAIS NÃO PROTENDIDAS). (furar preferencialmente na linha neutra da viga)

Lembrando que o CERTO é contratar um profissional para estudo técnico, quanto a seu problema, se você tem alguma dúvida se gerou problema estrutural ( fissura ou deformação). Desconheço legislação especifica, acho que não têm.